Ab 1145 gehörte die Dölauer Heide zum Erzbistum Magdeburg, später zum Herzogtum Magdeburg. Unter den Erzbischöfen wurde das Heidegebiet in unterschiedlich große Teilstücke untergliedert, die sogenannten „Heidemarken", welche zur Bewirtschaftung freigegeben wurden. Sie wurden an Vasallen, den Landadel sowie Patrizier der Stadt Halle verliehen. Daneben wurden auch Stifte und Klöster in Halle mit Heidemarken belehnt. Die Heidemarken konnten mit Genehmigung des Erzbischofs weiterverkauft und vererbt werden. Die Besitzer nutzten die Heidemarken zur Gewinnerzielung, denn der Holzverkauf brachte hohe Erlöse, weil für die anhaltende Bautätigkeit der wachsenden Stadt und für die Befeuerung der Saline große Holzmengen benötigt wurden.

In dieser Zeit erfolgte die Abholzung des Waldes am Ufer der wilden Saale, bis schließlich das ganze Gelände zwischen Saale und heutiger Heide waldfrei wurde. Insbesondere der Bau von Block- und Fachwerkhäusern führte zu einer erheblichen Dezimierung des Waldbestandes. Auch für gewerbliche und private Heizzwecke geschlagene Hölzer leisteten ihren Beitrag zur Verkleinerung des Waldes.

Unter den Erzbischöfen begann eine intensive Jagdnutzung der Heide. Um sich selbst sein Jagdgut zu sichern, gliederte schließlich der damalige Erzbischof Johann 1470 das Heidegebiet in das Pfänner"gehege" und ein kleineres, aber wildreicheres erzbischöfliches Jagdgebiet, das „Gehege" (= Heide), auf. Der Wald befand sich in einem schlechten Zustand. Die unterschiedliche Abholzung der einzelnen Heidemarken und das Fehlen einer geregelten Forstbewirtschaftung führten zu einem ungleichmäßigen Aussehen des Waldes. Ein durch lang anhaltende Trockenheit hervorgerufener Brand setzte dem Wald im Jahre 1474 weiter zu. 1561 ließ die Stadt Halle 66 Scheffel Eicheln stecken, um die Situation zu verbessern.

Während sich die ersten Administratoren im 16. Jahrhundert wenig um die Heide kümmerten, war der Wald ein gefährliches Gelände, in dem sich Wölfe herumtrieben und in das sich nur wenige wagten. Erst der Administrator Christian Wilhelm nahm eine planmäßige Pflege der Waldbestände in Angriff. So baute er u. a. ein Jagdschlösschen bei Nietleben, legte einen Tiergarten an und pflanzte mehrere tausend Bäume. Diese pflegerischen Ansätze wurden allerdings mit dem Einfall der Schweden während des 30jährigen Krieges zunichte gemacht, als die Heide große Verwüstungen erlebte. Viele Heidedörfer wurden zerstört und wiederum große Baumbestände abgeholzt. Die Heide war oftmals Fluchtort vor plündernden Soldaten. Auch nach dem Ende des Krieges blieb die Heide lange unsicher, da sie nun ein Zufluchtsort für Landstreicher und entlassene Soldaten war. Verbotenes Jagen und Wildern waren an der Tagesordnung. Der Wald war Schauplatz für zahlreiche Verbrechen. Heftige Sturmkatastrophen trugen außerdem ihren Teil dazu bei, den Zustand des Waldes zu verschlechtern.

1680 ging die Heide in kurbrandenburgischen Besitz über. Während der Pest um 1681/1682, der in Halle mehrere tausend Menschen zum Opfer fielen, war die Heide Zufluchtsort vor der tödlichen Seuche.

Ab 1701 gelangte die Heide in königlich-preußisches Eigentum, und das königlich-preußische Forstamt erhielt 1714 seinen Sitz in Halle. Trotz zahlreicher Gesetze zum Schutz der Wälder führten die eingeleiteten Maßnahmen nicht zum erhofften Erfolg.